湯沢市ジオパーク推進協議会は、秋田県湯沢市の「世界ジオパーク」認定登録に向けて、日々奮戦中です。
ゆざわジオパークのいろいろな情報や事務局の日々の感想をつづるブログです。

ヨコエビとプライマー設計(なぎはる)

2019-09-01

ども、なぎはるです。

最近、どたばたしていましたが、思いのほか、テンション高めです└('ω')┘
おそらく、いろいろなジオパークの方と話せたおかげですね。みなさんの優しさに感謝ですm(_ _)m

さて、突然ですが、みなさんは下の写真の動物をご存知ですか。
osira (5)
体長5mmぐらいでしょうか。
これは、「ヨコエビ」という動物で、湯沢市においては湧水地でよく見ることができます。
写真のヨコエビは、おしら様の清水で採集してきました(その他、一杯の清水や、くぞわたの清水にもいます)

一方で、湯沢市に生息するヨコエビが具体的に何というヨコエビかはわかっていません。
湧き水という地質由来の資源と生物との関係を明らかにする必要がある中で、「ヨコエビの同定」が進んでいないのは、
少し問題じゃないかな、と感じています。

この論文をみると、おおよその同定は誰でも簡単にできるようですね。例に倣って調べていき、湯沢市内のヨコエビの大半がヤマトヨコエビ、一部がフジノヨコエビ、ミカドヨコエビであると早くも見当をつけることができました。ただし、形態的な特徴に基づく同定には、限界があるため、場合によっては、遺伝的な調査を併用する必要があります。

そこで、以前取り上げたLamp法の勉強を兼ねて、ヨコエビ類のDNAを調査することにしました!!


…………と意気込んでおいてなんですが、遺伝子解析に関する専門書や参考資料を全く読んだことがないので、今回はあくまで、””なんとなくの感覚””でのDNA調査ないしプライマー設計になります。合理的な考えに基づいてやれば、素人の同定でも、まあ上手くいくだろ、てな感じで。問題があれば、ご指摘くださいね。

以下プライマー設計の手順。

1, ジェンバンクから、ヤマトヨコエビのリボソームRNAに関連する遺伝子情報を取得。
2, 12のハプロタイプの塩基配列を取得できるので、それらの相同性をチェックするために、
シーケンスアラインメントソフトを使う (ここではA plasmid Editorを利用)。
3, LAMP法プライマー設計のもととなる遺伝子領域 (特に相同性の高い遺伝子領域200bp以上)を探す。
4, DDBJのblastnにて、他の近縁種と特異な遺伝子領域かをチェックする。例えば「対象生物の遺伝子領域200bpと近縁種との相同率が90%以下」ならば20bp以上の塩基の組み合わせが異なるということなので、近縁種においてはDNA増幅できない可能性が高く、良いと考えられる。
5, lamp primer explorer v5にて、Lamp法におけるプライマーを構築。
6, カスタムオリゴの注文。
WS000004_20190830131429539.jpg
↑A plasmid Editorの様子。すごく優秀なソフトですよね。

特別お金を支払わずともプライマー設計できるのだから…ホント良い時代ですよね(*^^*)

追記
ヨコエビの生息地を知っている方がいましたら教えて下さいm(_ _)m
よろしくおねがいします。
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